Die deutschsprachigen Kantone der Schweiz sind naheliegende Fluchtziele für vom NS-Regime verfolgte Deutsche. 1933 kommen fast 10.000 Flüchtlinge, darunter allein 7.631 Juden, die zwischen März und Mai über Basel einreisen.
Mit einem Bundeserlass vom 31. März 1933 werden zwei Kategorien von Flüchtlingen unterschieden: „Politischen Flüchtlingen“ in der Tradition des 19. Jahrhunderts, in welchem Liberale aus den autokratisch regierten deutschen Fürstentümern in die demokratischen Kantone der Schweiz geflohen waren, kann Asyl gewährt werden. Darüber entscheidet die Bundesanwaltschaft, die auch für die Bekämpfung umstürzlerischer Bestrebungen zuständig ist. Da die meisten der als politisch eingestuften Flüchtlinge Anhänger der linken Parteien sind, erhalten zwischen 1933 und 1945 nur ungefähr 650 von ihnen Asyl.
Aus „rassenideologischen“ Gründen Verfolgte gelten dagegen als „Emigranten“. Für die angesichts von Weltwirtschaftskrise und Arbeitslosigkeit zunehmenden antisemitischen Strömungen in der Gesellschaft sind sie „unerwünschte Elemente“. Für diese ist die Eidgenössische Fremdenpolizei zuständig, die nach dem Ersten Weltkrieg als Reaktion auf Ängste vor „Überfremdung“ geschaffen worden ist. Die „Emigranten“ erhalten als „Flüchtlinge im Transit“ nur eine Duldung von sechs Monaten, keine Arbeitserlaubnis oder staatliche Unterstützung. Während zunächst die Kantone über Aufenthaltsbewilligungen entscheiden, bedürfen sie ab 1934 der Zustimmung der Fremdenpolizei. Ende 1933 befinden sich nur noch 2.500, und in den folgenden Jahren nie mehr als 5.000 Flüchtlinge in der Schweiz.
Mit der Massenflucht von Juden aus Österreich verdoppelt sich die Zahl bis Ende 1938 auf 10–12 Tausend, obwohl die Schweiz zum 1. April 1938 die Visumspflicht für Inhaber österreichischer Pässe eingeführt hat. Auf die Einführung reichsdeutscher Ausweisdokumente in ganz Österreich reagiert die Fremdenpolizei im August 1938 mit einer Grenzsperre für jüdische Flüchtlinge, die sich aber nicht durchhalten lässt. Deswegen erlässt die Schweiz Anfang Oktober 1938 eine Visumspflicht für Inhaber deutscher Pässe mit dem roten „J“-Stempel, was eine Einreise für jüdische Flüchtlinge unmöglich macht.
Kantone wie Basel-Stadt und Sankt Gallen halten an einer liberaleren Flüchtlingspolitik fest und einzelne Konsulatsbeamte erteilen weiterhin großzügig Einreisevisa. Diese werden aber im Frühjahr 1939 ebenso ihrer Ämter enthoben und disziplinarisch bestraft wie im Kanton Sankt Gallen der Polizeihauptmann Paul Grüninger, der mehr als 1.000 jüdischen Flüchtlingen die Einreise in die Schweiz ermöglicht hat.
